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Git のレポジトリーの中の .gitignore というのは、レポジトリーにコミットしない（無視する）ファイルを定義するものです。
Git のバージョン管理システムでは、二つの gitignore ファイルがあります。一つ目の一番知られてるのはレポジトリー内の。こちらは、プロジェクトのルートダイレクトリーに置かれて、そのプロジェクトに対する無視するファイルなど定義されています。
一方、デフォルトで全てのプロジェクトに適用する gitignore ファイルも設定できます。「グローバル gitignore」と呼びます。
ターミナルで、下記のコマンドを打って
$ git config --global core.excludesfile ~/.gitignore_global
~/.gitignore_global のファイルに全てのプロジェクトに適用する gitignore コンテンツを入力します（ファイルが存在しない場合は作成する）。
こちらの使い分けについてですが、基本的には
- プロジェクト内 gitignore ⇒ プロジェクトと直接関する定義。例えば、ビルドで作られるテンポラリーファイル、テスト時の自動で生成されるキャッシュファイル、ログファイルなど。
- グローバル gitignore ⇒ 当ローカル環境に関する定義。例えば、 OS X なら
.DS_Storeのファイルなど、 vim が作る*.swpのファイルなど。
.DS_Store や *.swp の定義をプロジェクト内の gitignore に入れるケースも少なくはないと思いますが、こちらは間違っています。一人一人開発環境が違うので、責任を持って自分の開発環境の無視するべきファイルをグローバル gitignore に定義した方が良いでしょう。